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1913年“二次革命”失败，国民党被袁世凯解散，孙文再度逃亡日本，1914年7月中，孙文在日本召集部分国民党员组成中华革命党，并要求入中华革命党者一律必须登记、立誓、盖指模、效忠孙文一人。同时，又开始动员洪门人士一律加入，将致公堂改为中华革命党。7月29日，孙文致函新加坡洪门义兴公司并转南洋各埠洪门，向他们通报“近年来之景况，及洪门党务进行事宜，与夫民国危急之情形”，“望诸同志固结团体，振起精神，再做革命工作，爱党爱国，洪门之责任也，亦弟之厚望也”。同年冬，孙文致函各埠洪门要求他们加入中华革命党，全部改组为中华革命党支部。孙文自称“文忝属洪门一份子，以密切关系所在。意欲各埠洪门团体急起直追，共图革命事业，并全部填写誓约、加人中华革命党。……望诸公极力提倡国家主义，而破除门户各立之微嫌，迅速筹办致复，以便正式委任。倘天佑民国，完全之目的能达，则洪门之名誉事功将来垂益无穷矣”。
南洋华侨在邓泽如等的积极推动下，赞助中华革命党的事业有所进展。美洲各埠致公堂接获此函后，“大多数皆不以为然，无有遵函改组者。盖各埠洪门人士对于孙文，已失信仰之心。因其不能为洪门立案，而有意消灭洪门，忘前日之恩，负前日之义，今穷蹙之时，又欲利用洪门，无怪洪门人士不理会也。”
美洲各埠致公堂对孙文派往加拿大温哥华筹饷的冯自由“大起攻击”。英属加拿大致公堂全体发表宣言，内称：“冯自由前在温哥华筹饷革命，致公堂破产应之，洪门人士努力代筹军饷，不下十数万，悉交冯氏及孙氏之手。及南京政府成立，冯任稽勋局长，无片纸只字答谢我加属致公堂，此等棍徒，良心丧尽，今复假借名义，妄称三次革命筹饷，实则徒饱私囊。冯任稽勋局长，滥勋至三万余人，所收私款何限。滥派欧美日学生至千数百名，每名收其学费之半，用其妻名义存款于香港汇丰银行，至数十万。买业在九龙油麻地亦十数万，此等棍骗之套，坏我洪门名誉，望我洪门人士无为孙冯之邪说所惑。”不仅如此，致公堂成员还复函孙文，发泄对孙中山当年不准洪门立案的愤懑，信中说：“洪门求都督胡汉民立案，一再批斥不准，先生受洪门待遇之厚，胡汉民感谢洪门之手墨未干，岂意忘本食言，如是之速。……今先生大炮之毁誉，腾于内外，伟人变作匪人，先生利用洪门之伎俩又出，先生衰时则倚庇于洪门，盛时则鄙屑洪门，避之若浼。今盛而复衰，又欲与洪门亲密，先生休矣。”洪门对孙文已愤恨如此，孙文在美洲的筹饷活动，终未成功。双方的结怨开始加深。
洪门与孙文的关系渐趋疏远，与孙文以外的政治势力则有所接近。1915年12月，护国战争发动后，中华讨袁军大元帅岑春煊、西南护国军总司令唐继尧先后委任黄三德为欧美筹饷专员，致公总堂均予以转达并加委。黄三德为此奔走筹款，“成绩尚佳”，所筹款项，直汇云南。袁世凯倒台后，致公总堂再派黄三德回国为洪门立案，总统黎元洪准许洪门立案，广东省长朱庆澜也予以同意。黄三德又提出在广东建洪门五祖祠，其时西南护法政府“各省人士毕集于广州，对五祖祠之倡建，无不赞成，独孙文反对，不肯签名”。最终，因孙文的坚决反对，洪门致公堂在广州兴建五祖祠的愿望落空，致公堂与孙文之间的矛盾进一步扩大。
1919年10月10日孙文在护法运动失败后，将中华革命党改组为中国国民党。孙文在亲手制定的《中国国民党海外支部通则》中规定，“原有中华革命党支部及洪门，全部党员加入改组者”，凡能每年担负一千元以上之经费，均可设立海外支部。1921年1月，孙文在致陈树人的复函中再次提及争取致公堂成员加入中国国民党的问题，“致公堂中不良分子常与吾党同志为难，亟宜设法融合，以免纷扰”，“如致公堂同人明达之士愿归附吾党者，能照入党手续，可准其加入吾党，则逐渐归并，而该党同人自不能与吾党为敌矣”。可见孙中山这一时期对洪门会党还是立足于吸纳，争取归附至“逐渐归并”，而并不赞同其独立组党。
同年5月，孙文在广州建立政府，自称中华民国大总统。在此期间，他和黄三德的一次争吵直接导致了其和洪门致公堂之间关系的彻底破裂。
在一次会谈上，孙文再一次旧事重提，当面对身在广州的黄三德说道：“现在各地原中华革命党支部和洪门都要改组后加入中国国民党，你现在赶快通函海外致公堂，一律改称中国国民党，并要签誓服从。”
黄三德不从，抗声说道：“洪门自成立以来就一直坚持革命。事实上在没有中华革命党之前就早有洪门革命，又何必现在更换名称？！”
孙文则道：“洪门若不改换名称，就是不服从指挥。有人报告说加属洪门每次大放洪门之夜，就以纸人做孙文而杀之，这事你知道吗？”
黄三德坦然回答“这事我不知道。如果真有这样的事情，那只能表明洪门之不肯服从你。即便我通函令其更改名称，各部也不会听命，那又何必多此一举？！”
孙文听后，勃然大怒，说道：“你是洪门大佬，你有命令，他们当然要听！你不肯发函，就是你反对我，不是洪门反对我！”
黄三德此时也动了真怒，叫道：“现在是民国时代，人人都有自由权。我黄三德不能强迫洪门兄弟服从我，此公函我断不发！你现在是非常大总统，有权力了！说我反对你，你想将我打靶吗？”
孙文也知道黄三德脾气倔强，见其发怒，加上当时参与会谈的其他人也都惊讶地注视争吵的二人，孙文便转换成笑脸，转换话题，改谈其他事情。
经过这次争吵，洪门致公堂和孙文之间的关系彻底决裂。黄三德也从此断绝了同孙文一切的往来。