当吉鸿昌、方振武等人打起讨蒋联军的大旗，并提出“攻下北平，讨伐蒋贼”、“打到北平吃月饼”的口号时，原本由同盟军而带来的抗日色彩已经完全消失，这支部队已转变成了挑起内战的武装。
此前，南京当局和北平方面虽然派出军队在察哈尔附近集结，对方、吉两部加以威慑，但因对方打着抗日大旗，加上回到察哈尔的宋哲元和方、吉等人又有着西北军共事的情分，因而尽管大军云集，但这些当局的部队并未向抗日同盟军开过一枪
而现在，吉鸿昌部队中的中共势力已公然活动，方振武部与其重新联合后又抛弃了同盟军的抗日大旗，变成了讨蒋联军，聚集在察哈尔及平津等地并听命于南京当局的各路大军自然不会再对方、吉等部留情。
当9月21日，方、吉所部近万兵力进占怀柔、密云，引发日军再次出兵的动向时，南京当局和北平方面已下决心要解决掉这支部队。
而在日军武力恫吓下，以前高举抗日旗帜的方、吉两部却按照日军限定的时间，在3日内撤离了怀柔、密云，不敢真个与日军相抗。实际上，在抗日同盟军拿下多伦的鼎盛时期，也一直是与伪军在作战，并未同日军发生过任何直接战斗。
眼见北平方面调兵遣将，即将形成对方、吉两部的合围，10月2日，就在方、吉两部联合土匪王英部攻击昌平的时候，中共前委书记柯庆施见势不妙，以到北平向上级汇报工作为由，私自离开了讨蒋联军。
随后，讨蒋联军又经过与当局部队的几番作战，走投无路下，方、吉两人被迫派人去北平求和。最终，吉鸿昌逃亡天津法租界，方振武逃亡香港，而其残部则被商震的32军所收编。由抗日同盟军转为讨蒋联军，前后不到半年时间，这支队伍就在各方势力的角逐下烟消云散。
就在讨蒋联军走到末路的时候，10月12日，由杨虎城出任剿匪总指挥，孙殿英、马鸿逵为副总指挥的各路大军开始从几个方向上对人民军发起第三次围剿。
按照青马、宁马和孙殿英等人的意思，早就应该开打了，可因南京和西安之间在作战方略上产生的分歧，一直拖到10月中旬，战斗才打响。
为了解决双方的分歧，协调进剿“民匪”，老蒋曾派时任军委会训练总监的朱培德和参谋次长葛敬恩一同前往西安了解具体情况，才最终达成妥协，确定了眼下“南北对进，东西合击”的作战方略。
导致南京和西安之间争执的源头，却是胡宗南于8月份就围剿“民匪”一事而给老蒋去的一份作战建议案。
胡宗南自从将张国焘部撵到四川后，便在陕南南郑与陇南、川北交界地带驻扎下来。作为中央军伸入到西北并窥视西南的一颗钉子，胡宗南自然思量着如何早日完成校长的嘱托，将西北、西南几省纳入中央直接掌控中，因而也对占据甘、宁、青三省的“民匪”密切关注起来。
在分析了此前杨虎城等人两次围剿“民匪”的作战过程，并派人到邻近的鲁大昌、马青苑两部了解过详细情况，又从远处探察过陇南三县人民军的阵地后，胡宗南得出结论：此前的作战方略有问题，要想剿灭“民匪”决不能再照这个样子打
此前杨虎城等人从多个方向围攻人民军，看上去声势不小，可实际上由于兵力分散，又相隔遥远，根本就达不到彼此呼应的效果。胡宗南对这种方略的评价是：大而无当
要说胡宗南也确实有傲人的资本，从加入黄埔后，两次东征、两次北伐，其后又与桂系、西北军、晋绥系等长年作战，已经成为黄埔学生中的领军人物。就是在与中共势力交锋中，胡宗南第一师也是战果最为突出的一支部队。种种经历，也使胡宗南形成了超越同侪的军事素养。
胡宗南认为，打仗就是要发挥己方优势，要选择兵力容易展开的并且突击得手后容易扩大战果的地方加大攻击力度。综合在各处的布防情况来看，宁夏河西有黄河和贺兰山，陇东有桥山和子午岭，陇南地势复杂又有西汉水、岷峨山等险要，青海及河西走廊也有高山大河相阻，这些地方都易守难攻，实在不是用兵的好所在。
但在陕北与宁夏河东交界的地方，既无高山大河相阻，又地势相对平坦，只要突破人民军防线后，就是宁夏河东平原，这实在是用兵的好地方。
只要攻入宁夏河东，向西可过河侧击宁夏平原，震动“民匪”宁夏河西防线，并与其他攻击部队配合，全面恢复宁夏；还可向东攻击陇东，进而与其他部队配合一举解决甘陇问题；就是向南也可越过屈吴山攻击靖远、兰州等甘肃腹心之地。而只要解决了宁夏以及甘陇等地，解决青海、河西走廊不过是水到渠成的事情。因此，剿灭“民匪”的重点应该是从陕北进攻宁夏河东地区
何况，眼下“民匪”占据了甘肃、宁夏、青海三省的广大区域，若是还用“围剿”的作战方式，至少要调集百万大军，但眼下对中共的围剿正在进行，国内根本就筹措不起另外一个百万大军来。因此，应变“围剿”为重点“进剿”。攻破一点后，逐步深入并扩大战果，进而由点及面，分阶段、分区域解决“民匪”。
按照胡宗南的意图，陕西方面杨虎城、井岳秀应该集中5万以上的兵力用于从定边攻击宁夏河东；而胡宗南的第一师用于从关中攻击陇东；鲁大昌部在陇南牵制“民匪”兵力；青马、宁马除以小股部队在河西走廊上牵制敌人兵力外，其他大部兵力应该与孙殿英部会合，集中10万以上的兵力猛攻宁夏河西或者河西走廊与宁夏河西交界地带。
这样一来，近30万大军全面展开，攻击分守多处、兵力只有10来万的“民匪”，只要攻击宁夏河东或者河西的部队得手，一举平定西北局势并非不可能。