刘秉先秘密南下之后，徐孝刚返回成都，协助参谋长包季卿的工作，王陵基率领麾下将校返回万县司令部，扼守川东，监视湖北与豫南方向。
孙兆鸾也随即率领众将校，南下叙府，调兵遣将，封锁川滇交界地区，以防滇军一意孤猝。
坐镇重庆的萧益民，一只眼睛紧盯着云南，另一只眼睛盯着成都，每天忙到深夜，处理四面八方汇集而来的公务和情报，直到军校总教官卡尔等七名德国教官率领参谋系五十学员来到重庆观摩实习，萧益民才舒了口气。
参谋系的五十名学员，大多是拥有实战经验的中低级军官，不少人毕业于原四川陆军速成学堂和保定陆军速成学堂，素质都很不错。
卡尔等教官与萧益民长谈之后，将五十名学员分成五个参谋小组，分别补充到萧益民的作战小组、情报小组、电讯小组和军需后勤小组之中，很快展示出极高的效率，大大减轻了萧益民和参谋处的负担，使得萧益民的临时总指挥部得以高效运行起来。
包季卿的确能力超群，也非常果断冷峻，不知道他用了什么方法，促使省政府和议会特别会议通过了一系列决定，仅十天时间，就在铺天盖地的舆论宣传和引导下发起一场震动四川全境的“清理行动”并与轰轰烈烈的全境剿匪结合起来。
〖警〗察厅长杨维在诸多铁证和百余名来自资州的苦主控诉下，成了全四川民众发泄不满的对象，昔日的一点好名声顿时烟消云散，几乎成了四川民众嘴里的“贪官污吏“和“恶霸劣绅”的代名词。
突遭打击的杨维与两个副手眼见大势已去，只能主动辞职寻求自保，包季卿也大度地网开一面，杨维等人得以携带直系家人和自有财产，狼狈不堪地逃离四川。
紧接着四z：各地四十二个富甲一方却又为富不仁的家族被连根拔起，多达数百名野心勃勃、心怀异志的“士绅名流”银铛入狱。
从这些人的住处、公司、会所，搜出大量来往信函和犯罪证据，涉及私通乱党、暗结土匪、非法武装、欺压百姓、贪污陷害、谋财害命等等罪行，因此而牵连出的被捕者多达三千余人缴获私藏长短枪、机枪多达上千支各地军政联合办案组没收贼款三百七十余万元，土地、房产、契约、厂房等价值一千三百余万元。
在军政当局雷厉风行、毫不留情的打击下，一件件轰动全省的大案要案公之天下，沉冤得雪的数百受害者赶赴成都，声泪俱下地控诉贪腐官员和恶霸的罪行，对为民做主的政府和军队感激流涕。
四川民众精神振奋，一片叫好声，全省的反对势力、隐藏多年的各方奸细、贪污腐败的各级官员纷纷落网四川官场人人自危，左右摇摆投机钻营的中立派迅速偃旗息鼓，人人自危，大批立场坚定、锐意进取的廉洁官员得到大力提拔，整个四川的社会风气和政治气象为之一新。
在这场震惊全国的清理行动中四川的邓氏、曾氏、吴氏等五大家族，坚定不移地站在了萧益民和张澜这一边，也从相互的援助与妥协中受益匪浅，仅是一个涉及全川的工商业振兴计划，就能弥补五大家族在这场轰轰烈烈的〖运〗动中失去的一切。
一九一六年元月十五日，即四川高等法院开始对诸多案件进行判决的当日四川巡按使张澜正式向全省宣布：在新的一年里，政府将投入两百万元巨资，在成都望江亭建立规模宏大、设施先进的省立四川大学，并在四川十二个府建立十二所省立中学呼吁知识界、文化界响应政府号召，为振兴四川教育事业出谋献策。
张澜宣布的消息立刻引来四川民众的一片喝彩，在打击〖运〗动中惶惶不安的四川文化界，看到张澜发出这个终止〖运〗动的示好信号，终于放下心来，纷纷重整精神，为张澜和省府摇旗呐喊。
一场导致三千余人被杀头、判刑流放的“清理行动”在四川各界的一片欢呼声中徐徐落下帷幕，掌握军队和舆论主流的萧益民一派，终于在正义的大旗之下，利用全国混乱、战云密布之机，成功地铲除异己，奠定了本集团不可动摇的政治地位。
秘密入滇的刘秉先在昭通获得刘云峰的盛情接待，刘云峰得知刘秉先的来意和肩负的使命，当下没有任何耽搁，亲自陪同刘秉先赶赴昆明。
从昭通到昆明的一路上，刘秉先看到了络绎北上和东进的滇军各部，心里不禁暗暗着急。刘云峰指着公路两旁行进滇军询问刘秉先的感受时，为消弭川滇战争而来的刘秉先如实回答：“仅从装备和官兵精神面貌看，滇军比不上川军。”