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这几天，淮安前线的郑克臧的心情如同过山车一般跌宕起伏。一开始他是自责，既然事先预测了隐忧为什么直接调兵入京；接下来是紧张，生怕力量不足的应天守卫者们无法应对内外两路大敌；而后是欣喜，想来应天城内外反郑的力量经此一变将彻底整肃；最后是恼怒，因为湖广方面的急报也紧跟着送到，非但汉阳、汉口易手，武昌也为大举渡江的清军所围困，就连作为洪拱柱部在湖广境内立足点的兴国州也直面到清军的围攻。
不过恼怒归恼怒，湖广方面的危急却不能不加以应对，于是在遥眺了淮安城坚固的城防之后，郑克臧终于作出了决断，在不中断淮安、安庆两战的前提下从淮安、安庆战线各抽调两个师及长江舰队一部开赴赣西北。
鉴于抽调兵力对淮安、安庆作战的影响，郑克臧又下达命令，在两地各编练三个新师，想来以前线郑军的兵员基数、师的数目，消化如此数量的新附军、苏皖地方团练、附明义军武装应该不会影响到总体的战斗力。
至于江南方面，郑克臧并不准备否定自己在二天前下达的“续调淞崇镇军、清肃（南京）内外之敌，恢复（江南）镇定，相关处分还师再议”的谕令，只是进一步指示“收缴玉玺，今后中外之事毋须关白宫中，内阁及大都督府商议处置。”
郑克臧还想拿下淮安，以尽一期北伐的全功，千里迢迢赶到淮安城内主持大局的满清恭亲王常宁自然也想凭着四万五千多人的力量守住这一地理分界线上的桥头堡，然而谁也没有想到老天爷并不给两人继续火拼的机会。
明武定三年、清康熙四十三年，七月二十七日，因为尚有普降大雨，黄淮一线河水暴涨，出于对水患的恐惧，郑克臧不得不下令移兵退往兴化。可还没等郑军全军撤出，骆马湖就出现了泛滥的迹象，更为可怕的是洪泽湖大堤也出现了漫水。
但更大的灾祸出现在安徽，由于清廷治河采取的是单纯保运（河）的策略，其他地方决口被认为是无关大局的，因此淮河两岸河道失修，再加上最近以来兵祸为止，无人上堤看护，于是遇到黄河水倒灌，一下子就撑不住了。
七月末，作为淮河上游支流的浍河、涡河、西淝河、北淝河、芡河、茨河、泉河、沱河、濉河、谷河、洪河相继决口，淮北大地一片汪洋。淮南凤阳、定远、寿县、长丰等府县也遭水淹，豫东、豫东南也不同程度的出现了水灾。
眼见得人为鱼鳖，好不容易熬到郑军后撤的淮安清军顿觉自己陷入了进退不能的地步，生怕淮安成为孤岛的常宁一连五道上书，请求引兵退回徐州，以确保鲁豫边境，康熙坚决不允。但到了八月初九，康熙不允也不行了。这一日，睢宁报遭大水围城，淮安其余各县也岌岌可危。于是常宁便顾不得北京的严令，急急忙忙带兵北返，临行前还派兵试图毁掉高家堰。好在留下的都是苏兵，不忍心自家成为泽国，这才没有引发更大的灾难。
然而，高家堰虽然暂时保住了，但是由于清郑之间依旧出于军事对峙的状态，根本没有办法保证大堤的维修，因此在第二年的大汛中，最终被汹涌的黄河水所冲垮，从而在徐州以南，海州以西，直至盐城、宝应间形成了面积广阔的黄泛区，从而隔绝了交战双方，繁华一时的淮安府也由此废城，不过这都是后话了
一路退到兴化后，郑克臧下令各军收拢灾民，然后以工代赈，沿宝应至盐城之间直线修筑堡砦并挖掘壕沟、遍植荆棘。这些竹筋水泥堡砦都系棱堡结构，面积不大，通常只能容纳一两个步队、一个缁兵队及两个轻炮班。以如此兵力自然不是指望其能抵抗来犯的清军大队，而是意在作为预警并迟滞对方的进攻。而密布的壕沟一可以排水，二来也可以阻碍清军的马队。种植荆棘的道理也是一样，即可以保持水土，又可以阻挡清军的大队。
当然，如此一来，郑军同样无法直接从苏北方向继续北伐。不过相比未来绕路的损失，郑藩眼下却可以节约出不少宝贵的兵力用于西线战场，所以此举到底是沾了便宜还是吃了亏，也是仁者见仁智者见智的
既然现下苏北已经不存在大战的可能，郑克臧自是不会留下做土木工程的监工头，于是以平叛之功晋林升为射阳伯，并任命其为江北总兵总制江北兵马，随后又留下宣威、龙武等军四个师分守江北之地，其余部队则向西线开去。
八月十一日，郑克臧兵至江浦，南京百官纷纷过江拜谒，郑克臧遂根据杨英等人的请求，遣一师兵力过江，驻守当涂，接着又命令淞崇守备部队回转原防，并将原本预定在苏北编练的三师新兵中的一个改为在常州编练。