朝廷第一时间派船去追王璞，希望王璞返回包围南京，第二则是组织兵力，他们又看到了新江口的那些俘虏，虽然王璞走了，但是留下了一千人，加上将张大桅船上的一批水手，看守这些俘虏还是不成问题的。
这些兵坚决不让朝廷动这些俘虏，朝廷此时此刻发觉，手里竟然没有一点可用之兵。
当然了，兵还是有的，京营总共二十万都有，当然这个数字只是兵册上的，真正的数量恐怕连一半都没有，在除掉其中的老弱，能拿枪的最多五万人，而真正打过仗的，一个都没有。
这时候马士英也急了，他紧急时刻，通过六神无主的皇帝，任命自己的儿子锦衣卫都督马銮为京营提督，以马士英在督师凤阳时候就从贵州招募的三千军队为核心，将京营中可用的兵马，挑出了一万青壮，组成了勇卫营。
但是他组建勇卫营却不是用来救援，也不是用来守城，而是用来保命的。
马士英向皇帝保证，一旦清军过江，或者从西面攻打南京，他立刻护着皇帝离开南京，幸驾杭州！
阿济格统帅二十万，而且跟多铎在扬州的那二十多万不同，虽然大多数也是明军降兵，但是已经被阿济格完全的整顿过了。
清军入关之后，阿济格、多铎分为两路负责追击李自成，阿济格走北路经山西往西攻击，多铎走南路经河南往西攻击，但是攻下山西后，阿济格没有立刻进入陕北，而是从出长城去蒙古索马。
结果多铎攻陷潼关，以一路兵的兵力。再接再厉的攻下了西安。
阿济格的擅自行动，让清廷的两路对进，会攻西安的计划没能实现。虽然仗着多铎的猛攻，还是占领了西安。可是损失颇重。
因此清廷斥责了阿济格，随后多铎回到河南，调往江南攻打明军，而阿济格则被分派了一个苦差事，那就是继续追击李自成。
李自成放弃西安之后，从蓝天到河南，接着进入了荆州、襄阳等地，汇合了留在这里的七万大顺军精兵后。立刻南下过江攻打左良玉。
左良玉不占而逃，打着清君侧的幌子，兵发南京，结果被杨潮在太平府击溃，所部兵马大部被俘。
清军追着李自成，李自成则追着左良玉，但是左良玉和李自成的运气都不够好，左良玉无缘无故的病死在九江，兵马也几乎被杨潮全歼，而李自成更是命苦。他带着大军到了湖北铜山县，习惯性的带着二十余骑兵突前侦查，结果被当地的山民以为是贼寇。给打死了。
这两个人，一个是让明朝头痛不已的大军阀，一个是拖死了明朝的农民军首领，可是他们在清军定鼎中原之前，都莫名其妙的死了，只能说清军运气太好了。
后来那个张献忠，也是轻易的被清军一箭射死了，在摸爬滚打跟明军玩了十几年后，随随便便就死了。
满清这已经不能算是好运气。简直是逆天的运气了。
但历史真是靠运气成就的吗？
如果努尔哈赤死后，八旗各自争斗。他们还有希望吗，如果皇太极死后。多铎和豪格自相残杀，他们还有希望吗，这其实不是什么天时，而是人和。
满清众志成城，明廷内都不息，所以人家最后才赢了。
杨潮努力试图维护一个团结的朝廷，可是已经尽量让东林党得权了，朝堂上依然明争暗斗，甚至斗到了他自己身上，这就不能说什么天命，只能说不作不死！
小皇帝比他爹崇祯聪明的多，看到危机到来，他根本不找文臣商量，他知道找这群人商量不出个所以然来，他只找几个亲信，卢九德、马士英等人，所以在文臣根本不知情的情况下，他已经决定，势头不对就闪，学赵构逃到杭州去。
坏消息一个接一个的传来。
阿济格领兵兵不血刃的就拿下九江，朝着下游推进，池州、铜陵望风归附，黄得功在芜湖战败，退往太平当涂，当涂又败，再无消息，据闻阿济格已进兵到了大胜关！
大胜关已经是南京最后一道门户，而这道门户此时无兵可守。
七月十日，夜。
在马士英、马銮和带刀官统领余继业的保护下，小皇帝悄悄出城，文武百官都不知情，否则他就走不。
一路向南，结果在溧水遭遇乱兵劫掠，马士英和小皇帝走散。
小皇帝的舟船在石臼湖中遇到败退的黄得功部。
黄得功不由大为失望，告诉皇帝说，如果固守南京坚城，尚有可为，弃坚城而走，大势已去。