江南机器制造局是自强运动几个兵工厂中，规模最大、预算最多的一个，除了开设当年投资约25万两的费用之外，其后早期主要经费来自于淮军的军费，后来1867年时曾国藩获得许可从上海海关取得百分之十的关税作为制造局的经费，1869年又提高到百分之二十，这相当于每年有至少40万两以上的经费，这光是他们的的后期投入就有一千多万两了。
制造局最高领导人是督办，曾国藩、左宗裳、张之洞等人均曾担任，但晚清大多时期是由李鸿章担任，督办以下为行政主管，早期由李鸿章选任冯焌光和沈保靖为行政主管，并由上海道台（1865年时为丁日昌）加以兼督，实际的机械管理方面的工作则多由西方人负责，例如早期的首席工程师霍斯（T．F．Falls）为美国人。
江南制造局底下雇用了大量的中国工人，包括满人和汉人，在其中操作及学习机器，因其专业技能，当时工人的薪水是一般城市中苦力的4至8倍。这些工人成为* 中国近代最早形成的一批产业技术工人。
每支步枪的成本高达17?4两，而外国同类产品成本仅为10两左右，江南机器制造局在同治年间，是全东亚最大的兵工厂，对于清朝的军事力量以及重工业生产都有提升作用。例如从1865年开始，在李鸿章、曾国藩的主持下，江南机器制造局开始了对德式武器的仿制，1867年仿制出德国毛瑟11mm前膛步枪，这是中国自己生产的第一种步枪，该枪使用黑火药和铅弹头，威力惊人，在1867年时，每天平均可以生产十五枝毛瑟枪和各式弹药，李鸿章认为当时该局生产的枪械弹药，对于后来捻乱的平定有所助益。除了枪弹之外，该局也在1868年生产出了中国第一艘自造的汽船（木制船身）惠吉号。1891年时，为中国首次炼出了钢铁。
但整体而言，江南制造局在晚清时的军备生产品质并不好，例如步枪的水准不高，性能不佳（据说因此连李鸿章率领的淮军都拒绝使用），且生产成本高于直接购买。造船的情形亦类似，1868年首次生产之后，陆续造了数艘汽船，但所造船的速度不快，整体生产成本及耗燃料都高，结果反而不如直接向外国购买（自造一艘船的钱大约可以向英国买两艘船）。
制造局军备生产成本的高涨，可归因于几个方面：一、所有的生产原料几乎都靠进口。二、人员薪水偏高。三、申购物资浮滥。四、人员人数过于浮滥：除了外国顾问日渐增加，中国官员、职员有不少人是利用关系进入，坐领干薪。以官员而言，1870年代初期只有40人，大约不到十年人数就增加了一倍之多。
到19世纪末，江南制造总局一年可以制造子弹9万发、地雷200枚、枪支2000支。
进入到机器局里以后，三人都是一副墨镜，别人也看不出他们的样子，他们到处去转了一下，看到这个当时在东亚最大的机器制造工厂，现在已经成了李鸿章手中的鸡肋，这真让李振华有些哭笑不得了。
管理上的落后，人员的冗余，技术力量低下，，工人们在混日子，这些都是厂里致命的问题，如果没有一个大刀阔斧的改革，是不能从根本上解决问题的，盛宣怀这一次到江南来的目的，那就是来解决问题的，可是不从体制上改变，那只能是头痛医头，脚痛医脚，不能解决问题的，就光是那些编制外人员，那都是不能处理掉的。
现在李鸿章心里是十分的茅盾的，扔了固然可惜，但是不扔，每年几十万两个投入，制造出的武器也从不合人意。他只好是一次次的把盛宣怀派来救火，来一次解决一些皮毛问题，不久新的问题又出现了，他还是得再来。