初，恩闻八郡响应，谓其属曰：“天下无复事矣，当与诸君朝服至建康。”既而闻牢之临江，曰：“我割浙江以东，不失作句践！”戊申，牢之引兵济江，恩闻之，曰：“孤不羞走。”遂驱男女二十馀万口东走，多弃宝物、子女于道，官军竞取之，恩由是得脱，复逃入海岛。高素破恩党于山阴，斩恩所署吴郡太守陆瑰、吴兴太守丘尫、馀姚令吴兴沈穆夫。
东土遭乱，企望官军之至，既而牢之等纵军士暴掠，士民失望，郡县城中无复人迹，月馀乃稍有还者。朝廷忧恩复至，以谢琰为会稽太守、都督五郡军事，帅徐州文武戍海浦。
以元显录尚书事。时人谓道子为东录，元显为西录；西府车骑填凑，东第门可张罗矣。元显无良师友，所亲信者率皆佞谀之人，或以为一时英杰，或以为风流名士。由是元显日益骄侈，讽礼官立议，以己德隆望重，既录百揆，百揆皆应尽敬。于是公卿以下，见元显皆拜。时军旅数起，国用虚竭，自司徒以下，日廪七升，而元显聚敛不已，富逾帝室。
殷仲堪恐桓玄跋扈，乃与杨佺期结昏为援。佺期屡欲攻玄，仲堪每抑止之。玄恐终为殷、杨所灭，乃告执政，求广其所统；执政亦欲交构，使之乖离，乃加玄都督荆州四郡军事，又以玄兄伟代佺期兄广为南蛮校尉。佺期忿惧。杨广欲拒桓伟，仲堪不听，出广为宜都、建平二郡太守。杨孜敬先为江夏相，玄以兵袭而劫之，以为咨议参军。
佺期勒兵建牙，声云援洛，欲与仲堪共袭玄。仲堪虽外结佺期而内疑其心，苦止之；犹虎弗能禁，遣从弟遹屯于北境，以遏佺期。佺期既不能独举，又不测仲堪本意，乃解兵。
仲堪多疑少决，咨议参军罗企生谓其弟遵生曰：“殷侯仁而无断，必及于难。吾蒙知遇，义不可去，必将死之。”
是岁，荆州大水，平地三丈，仲堪竭仓廪以赈饥民。桓玄欲乘其虚而伐之，乃发兵西上，亦声言救洛，与仲堪书曰：“佺期受国恩而弃山陵，宜共罪之。今当入沔讨除佺期，已顿兵江口。若见与无贰，可收杨广杀之；如其不尔，便当帅兵入江。”时巴陵有积谷，玄先遣兵袭取之。梁州刺史郭铨当之官，路经夏口，玄诈称朝廷遣铨为己前锋，乃授以江夏之众，使督军诸军并进，密报兄伟令为内应。伟遑遽不知所为，自赍疏示仲堪。仲堪执伟为质，令与玄书，辞甚苦至。玄曰：仲堪为人无决，常怀成败之计，为儿子作虑，我兄必无忧也。
仲堪遣殷遹帅水军七千至西江口，玄使郭铨、苻宏击之，遹等败走。玄顿巴陵，食其谷；仲堪遣杨广及弟子道护等拒之，皆为玄所败。江陵震骇。城中乏食，以胡麻廪军士。玄乘胜至零口，去江陵二十里，仲堪急召杨佺期以自救。佺期曰：“江陵无食，何以待敌！可来见就，共守襄阳。”仲堪志在全军保境，不欲弃州逆走，乃绐之曰：“比来收集，已有储矣。”佺期信之，帅步骑八千，精甲耀日，至江陵，仲堪唯以饭饷其军。佺期大怒曰：“今兹败矣！”不见仲堪，与其兄广共击玄。玄畏其锐，退军马头。明日，佺期引兵急击郭铨，几获之。会玄兵至，佺期大败，单骑奔襄阳。仲堪出奔酂城。玄遣将军冯该追佺期及广，皆获而杀之，传首建康。佺期弟思平、从弟尚保、孜敬逃入蛮中。仲堪闻佺期死，将数百人将奔长安，至冠军城，该追获之，还至柞溪，逼令自杀，并杀殷道护。仲堪奉天师道，祷请鬼神，不吝财贿，而啬于周急。好为小惠以悦人，病者自为诊脉分药，用计倚伏烦密，而短于鉴略，故至于败。
仲堪之走也，文武无送者，惟罗企生从之。路经家门，弟遵生曰：“作如此分离，何可不一执手！”企生旋马授手，遵生有力，因牵下之，曰：“家有老母，去将何之？”企生挥泪曰：“今日之事，我必死之，汝等奉养，不失子道。一门之中，有忠与孝，亦复何恨！”遵生抱之愈急，仲堪于路待之，见企生无脱理，策马而去。及玄至，荆州人士无不诣玄者，企生独不往，而营理仲堪家事。或曰：“如此，祸必至矣！”企生曰：“殷侯遇我以国土，为弟所制，不得随之共殄丑逆，复何面目就桓求生乎！”玄闻之，怒，然待企生素厚，先遣人谓曰：“若谢我，当释汝。”企生曰：“吾为殷荆州吏，荆州败，不能救，尚何谢为！”玄乃收之，复遣人问企生欲何言。企生曰：“文帝杀嵇康，嵇绍为晋忠臣。从公乞一弟以养老母！”；玄乃杀企生而赦其弟。
凉王光疾甚，立太子绍为天王，自号太上皇帝，以太原公纂为太尉，常山公弘为司徒，谓绍曰：“今国家多难，三邻伺隙，吾没之后，使纂统六军，弘管朝政，汝恭己无为，委重二兄，庶几可济。若内相猜忌，则萧墙之变，旦夕至矣。”又谓纂、弘曰：“永业才非拨乱，直以立嫡有常，猥居元首。今外有强寇，人心未宁，汝兄弟缉睦，则祚流万世；若内自相图，则祸不旋踵矣。”纂、弘泣曰：“不敢。”又执纂手戒之曰：“汝性粗暴，深为吾忧。善辅永业，勿听谗言！”是日，光卒。绍秘不发丧，纂排阁入器，尽哀而出。绍惧，以位让之，曰：“兄功高年长，宜承大统。”纂曰：“陛下国之冢嫡，臣敢奸之？”绍固让，纂不许。骠骑将军吕超谓绍曰：“纂为将积年，威震内外，临丧不安，步高视远，必有异志，宜早除之。”绍曰：“先帝言犹在耳，奈何弃之！吾以弱年负荷大任，方赖二兄以宁家国，纵其图我，我视死如归，终不忍有些意也。卿勿复言！”纂见绍于湛露堂；超执刀侍侧，目纂请收之，绍弗许，超，光弟宝之子也。
弘密遣尚书姜纪谓纂曰：“主上暗弱，未堪多难。兄威恩素著，宜为社稷计，不可徇小节也。”纂于是夜帅壮士数百逾北城，攻广夏门，弘帅东苑之众斧洪范门。左卫将军齐从守融明观，逆问之曰：“谁也？”众曰：“太原公。”从曰：“国有大故，主上新立，太原公行不由道，夜入禁城，将为乱邪？”“因抽剑直前斫纂，中额，纂左右禽之。纂曰：义士也，勿杀！绍遣虎贲中郎将吕开帅禁兵拒战于端门，吕超帅卒二千赴之；众素惮纂，皆不战而溃。纂入自青角门，升谦光殿。绍登紫阁自杀。吕超奔广武。”
纂惮弘兵强，以位让弘。弘曰：“弘以绍弟也，而承大统，众心不顺，是以违先帝遗命而废之，惭负黄泉！今复逾兄而立，岂弘之本志乎！”纂乃使弘出告众曰：“先帝临终，受诏如此。”群臣皆曰：“苟社稷有主，谁敢违者！”纂遂即天王位。大赦，改元咸宁，谥光曰懿武皇帝，庙号太祖；谥绍曰隐王。以弘为大都督、督中外诸军事、大司马、车骑大将军、司隶校尉、录尚书事，改封番禾郡公。