两江总督马新贻在大街上公然被刺杀，不但是让江宁各级的地方官慌了手脚，更让某些大人物也意想不到，这件事造成的影响太严重了。
八月初二消息传到北京，犹如一颗炸弹在紫禁城内炸开。同治帝看完奏报，大惊道：“谋刺重臣的事情，此是千年第一案。
最近的一件也只在唐朝元和十年的时候（公元815年），丞相武元衡在早朝时为盗所害。到现在已经一千多年了，今朝身边又出此事，实在让朕深为骇异。”当即下旨：江宁将军魁玉同司道各官赶紧严讯，务得确情，尽法惩办。
慈禧更是先一步得到消息，她当天下午即将曾国藩与李鸿章召到仪鸾殿商量。慈禧太后坐在鸾座之上问道：“这事岂不甚奇？”曾国藩何样机敏？因为事涉自己原任的两江之地，曾国藩急忙诚惶诚恐地回答：“这事很奇。”却不敢再说什么。
清廷先命江宁将军魁玉会同两江“严讯”，“务将因何行刺缘由及有无主使之人一一审出，据实奏闻”。魁玉等复奏：“凶犯……直认行刺不讳，而讯其行刺之由，尚属支离狡诈”。
后慈禧太后又以五百里加紧的上谕，指派漕运总督张之万（张之洞的哥哥）“驰赴江宁，会同熬审”同时调直隶总督曾国藩接任两江总督主审此案，12月再加派刑部尚书郑敦谨以软差大臣身份驰赴江宁复审。
就这样几派钦差重臣，折腾了大半年，到1871年3月14日，曾国藩、郑敦谨联衔上奏，以“漏网发匪逆党挟恨复仇”具结该案，刺客张文祥被处凌迟极刑，并剖心致祭马新贻。一件大案至此，似乎已成定验。然而，参审官员事后的种种异常表现，却令人觉得此案结犹未结，另有不能道破的隐情。
首先是参与会审的两位马新贻亲信——江宁布政使孙衣言、营务处总办袁保庆（袁世凯的叔叔，后过继为其子）都拒绝在奏结上签字“书诺”，也就是不承认审讯的结果。
孙衣言更把质疑写到了马新贻的墓志铭上：“贼悍且狡，非酷刑不能得实，而叛逆遗孽刺杀我大臣，非律所有，宜以经断用重典，使天下有所畏惧，而狱已具且奏，衣言遂不书‘诺’。呜呼！衣言之所以力争，亦岂独为公一人也哉？”直指供词不实，忿忿不满之情溢于言表。
他这个时候才明白，自己的靠山一死，湘军集团上下对于他的态度，原来马新贻在时，整个湘军集团对于他或者马新贻都是不冷不热的，如今更是冷眼相加，更谈不上配合查案了，而张文祥对他更是嗤之以鼻，也难怪他忿忿不平。
其次，钦差大臣郑敦谨审结出奏之后，不等朝廷答复，就匆匆离开江宁；未及回京复命，就中途称病辞官回家。按清制，钦差不回京复命是要受处分的。而郑竟然置之不理，不免令人诧异。
郑敦谨翰林出身，先后任左都御史、刑部尚书（相当于今日的最高监察长官和司法部长），因为办案铁面无私赢得“郑青天”之名。
他在离开江宁之日，对曾国藩按官场礼节致送的程仪（送别礼金）拒而不纳，如此不给面子的举动，是不是要表示对与曾国藩会审结果的不满？而郑辞官后终身不复出仕，又是什么样的原因让他心灰意冷？
冷眼人不难看出这其中的猫腻，如果说刺马案跟湘军集团没有任何瓜葛？这话估计没有一个人相信，更何况曾国藩虽然不在，但湘军真正的统帅曾国荃始终对此不发表任何意见和态度。
“刺马案”之所以被列入清末四大奇案，一个是因为马新贻作为两江总督的高级官场身份；另一个是因为这个案子背后隐藏的巨大政治军事秘密——朝野都认为曾国藩平定太平军攻陷天京后，收缴了洪秀全的全部金银，但所上缴朝廷的数额却非常少。
曾国藩此时等于背了黑锅，他的所获实在是不多，但这事情等于黄泥巴掉到了裤~裆里——不是屎也是屎了，曾国藩有苦说不出，这显然是有人泄露了他的那些非常隐秘的事情，这让他非常愤怒，现在消除朝廷对他的猜忌才是重中之重。
可是这又那里是那么容易的？别的不说他的湘军就是一个口实，所以他对于朝廷要裁撤湘军的意见是全力配合和支持，但当时湘军势力强大，更有传言曾国藩有野心，于是慈僖太后先把曾国藩调离江宁。
接着召见过马新贻，升其为两江总督，之后马便在其密旨的授权下开始了对湘军的财政调查。就在马新贻即将把太平天国财富去向弄清楚的时候，“刺马”案突然发生。