德川家本不可能又这么多土地，就是当年从跟他们为敌的外样大名哪里抢来的，外样大名被严重削弱，没收了90家大名领地，削减了毛利、上杉等大名630万石领地，成立了88家谱代、亲蕃和天领领地。
幕府对大名的控制很严密，将德川氏同族亲藩大名、和德川氏旧部下出身的谱代大名、以及德川家的直属领地，跟外样大名的领地，领地交错分割，严密监视这些外样大名。还推出还定下了参觐交代制这样的制度，命令大名们隔一年在江户和领地之间流落居住，回领地时妻、子留在江户为人质。
在这样的制度下，按理说大名们其实没有反抗幕府的机会，因为大名们不是本人在幕府控制下的江户（东京），就是妻儿在江户，但这种轮流居住制度，加上路途上的消耗，让大名没时间经营领地，大量资金也消耗在了旅途上，无力培植兵马，德川幕府通过这种办法控制了大名，却让大名对自己的领地失去了控制，领地的经营把持在一个个蕃阀家臣手中。就像法国皇帝路易十四通过让贵族居住在凡尔赛宫，不停的跳舞享乐，结果削弱了贵族一样。德川幕府后期的大名，也渐渐失去了实权。
所以倒幕派并不是这些受到严格监督和控制的大名，而是大名们的藩士家臣。这些藩士家臣长期居住在领地上，受过系统教育，拥有管理经验，他们在跟中国商业公司的接触中，学习到了更先进的管理知识和管理理念，有的开始在本蕃的领土上实践这些理念，西南强藩之所以以区区之地，就敢抗衡幕府，是因为他们将领地内的农民组织起来，建立了征兵制性质的軍队，让他们的兵力不输给领土广大的幕府。
这些人还对先进武器了解更多，采购装备本蕃的軍队，战斗力大大提高。另外由于早年朱濆曾经雇佣过大批日本武士，这些武士也多是西南武士，他们带回了先进的军事制度，这些都大大加强了西南强藩的军事力量。
西南强藩之外，经过十几年开放，东北蕃阀也突然强盛起来。他们强盛的原因，主要是边地开发的因素。过去日本西北部，靠近北海道的地方属于边疆区，陆奥、出羽都是地广人稀之地的大蕃阀。两国被并称为奥羽，联系一直非常紧密。历史上为防备关东各国的威胁，陆奥与关东之间设立了白河关和勿来关等战略要地，从而跟日本政治核心分隔开来。由于离京都较远，政治和文化发展一直落后，但领土面积大，物产丰富，兵士和马匹的素质从古代开始就一直很高。
远离核心区，地广人稀原本是一个劣势，可随着日本开放，中国商业力量渗透，给他们带来了发展的契机，原本无法开发的土地，引入新技术后可以开发了，原本无法变现的资源，现在可以通过中国商业势力变成财富了。
另外从日本中西部人口密集地区，吸引大量的剩余人口移居，让他们的势力越来越强，跟西南强藩一样，他们也不属于德川幕府的嫡系，因此有较强的脱离倾向，对德川幕府垄断他们国内矿产开发的行为开始不满。
日本以中部核心区的幕府，西南沿海的海贸强藩，东北地区的边疆强藩为首的三足鼎立局势已经越来越明显。
幕府已经越来越难以控制强藩，境内的城市市民阶层日趋贫穷，暴乱不断，下层町人和城市贫民发动的暴动“都市一揆”多达420余次，农村破产农民越来越多，农民发动的“百姓一揆”比城市暴动还多。
不止城市居民和农村百姓，中下级武士经济来源常常受到将军、大名的克扣、剥削，部分武士失去生活来源，成为“浪人”。连中下层武士都开始大量破产，对幕府越来越不满。这些情况，并不仅仅是中国商品入侵引起了，但中国经济冲击，显然加速了幕府制度走向崩溃的速度。
贫穷武士，破产农民和无产市民发动的内乱，让幕府对强藩的控制有心无力，多次发现强藩在采购军火，向周琅提出这种现象，周琅多次下令严查军火贸易，同时提醒幕府，这种走私很难杜绝，建议幕府也采购先进军火，整编軍队。
同时一直在态度上支持幕府，驻日使者斡旋幕府跟大名的冲突已经不是一次两次，几乎每年都会出现。
支持幕府就是支持日本的封建制度，幕府是不可能升起统一全国的念头的，因为一旦幕府要这么做，势必引起叛乱，幕府只能维持这个以他为中心的体系。强藩打到幕府，反倒有可能依靠朝气锐意革新。
所以在强藩们越来越跋扈，越来越不把幕府放在眼里，西南强藩冲破了贸易限制，东北强藩夺回了本地矿产，甚至都组建了自己的强力軍队，多次磨刀霍霍想跟幕府开战的时候，中国使节都坚定不移的站在幕府一边，表示一旦开战，中国会派出軍队帮助幕府，一直将倒幕势力强压了下去。
周琅发现，幕府越来越弱的根源，并不是幕府领地上的物产下降，而是人口增长，平均占有资源下降，以及经济发展带来的兼并现象，最危险的因素不是赤贫的市民，也不是破产的农民，而是一群群浪人。这些流浪武士，既有军事文化，又有组织能力，不事生产，怨气最大。
幕府财政已经无法供养四五十万武士阶层，因此大量武士生计无着，因为贫穷。日本甚至出现了富裕町人（市民）鄙视、侮慢武士的事件，有武士进店吃饭因计较饭菜量少而受讥笑，有因买衣服要求减价而受侮慢，有因听到炮声打颤而被町人嗤之以鼻，还有因对町民无理施暴被打得半死的等情况发生。
作为一个特权阶层，好比满清的八旗子弟，欺负人欺负惯了，突然欺负人的时候，竟然还会被人暴打，加上日益贫困，他们的怨念比平民更重，而这些人都是拿刀的，自幼练习武艺。