东瀛四岛的北海道，此时还被称为虾夷，即使在本州岛的大名看来，北海道还是荒凉寒冷的荒芜之地，曾居住着阿伊努族人。直到上个世纪，松前氏渡海建造了福山城才逐渐控制这个大岛。
其实九州军在北上驱逐后金和探索西伯利亚的时候，就派遣了一支小队占领了库页岛。库页岛还要在北海道北方，九州军在当地建立了一个灯塔，驻扎几十个人的小队负责对当地居民收购毛皮作为税收。除此之外，九州军便没有派遣更多的人力去开发库页岛。
这个时代别说库页岛，就是库页岛南方的北海道，同纬度的黑龙江及以北的荒原地区都很少人烟。
保科正之、加藤明成等人带着反抗的武士集团接连战败，不得不逃离了本州岛。大约有上千不愿意放下武士刀投降的武士向北渡过海峡踏上了荒芜的北海道。
然而狭小的海峡并不能阻挡张元带领的新官府军，他们在直隶舰队的带领下紧追不舍，双方在北海道爆发了几场小规模的战斗，甚至当地的阿伊努族人都受到了波及。
保科正之在一次战斗中被新官府军擒获，加藤明成则一路逃到了北海道最北部，不慎跌落山崖身亡。上千个最为顽固的武士在新官府军的追杀下，九死一生，生存者也都成为了俘虏。
生活在北海道的阿伊努族人见证了这场讨伐，大规模火枪的使用让他们大为恐惧，将外来者当做是神灵来看待。新官府在战后接收了福山城，并以此为北海道的治所。
“逃到北海道的武士有上千人之多，成为俘虏的只有两百多人，其他人要么战死要么自尽，几乎都是一群硬骨头。岛上应该还有少数的武士在逃窜。虾夷岛太大了，很多地方还是荒芜的山区，我们带来的兵力不足以搜查虾夷岛的所有地方。”岛津光久第一次踏上北海道的土地，负责战后的清点工作。
“这么说来发动这次的讨伐是正确的，最顽固的抵抗分子都在这次讨伐中跳了出来，几乎死伤殆尽。至于那些还在逃亡的抵抗武士，就放任他们在北海道的山林间，到了冬天他们被冻死了也是他们自己的事情。”张元对于讨伐武士集团而发动的战争结果还颇为满意。
数万武士聚集在东北部地区，在重火炮营到来东瀛之后，所谓的坚城在重火炮面前变得脆弱无比。
新官府军的战术很简单，先用重炮将城墙轰塌，然后步兵在火力优势掩护下突入城内。
虽然战术极其简单，但无奈重火炮的连续打击下，黑川城、山形城接连失守，到了战争后期，武士集团大部分都失去了继续战斗的勇气，无法阻止有效的抵抗。
“留一支小队控制福山城，其他人随我押送俘虏返回江户城。”张元在北海道追击消灭了叛乱武士集团最顽固的残余分子之后，便令众人上船返回本州岛。
北海道的荒凉注定了将来这里还远远不会成为商业繁荣的地方，也许在这里以后会成为比较原始的旅游地点。附近还有世界四大渔场之一的北海道渔场。